Al componer páginas, TeX crea archivos auxiliares con extensiones .log, .bbl, etc. Ocasionalmente, estos ficheros se corrompen y se producen errores inexplicables al componer. TeXShop tiene un menú «Borrar archivos aux» que permite borrar todos estos archivos. Hay un botón similar en la ventana de la Consola. Al usar cualquiera de los dos, TeXShop pone en la papelera todos los ficheros con el mismo nombre (descartada la extensión), y situados en la misma carpeta, que el archivo con el código fuente, siempre que su extensión sea .aux, .blg, .brf, .ccs, .ent, .fff, .glo, .idx, .idv, .ilg, .ind, .ioa, .lg, .log, .lot, .mte, .mlf, .out, .pdfsync, .toc, .ttt, .wrm, .xref, .4ct o .4tc.
Se pueden añadir más extensiones a esta lista. Por ejemplo, para añadir los archivos .dvi a la lista, activa el Terminal y teclea
Para suprimir de la lista todas las extensiones añadidas, y volver a la original:
A veces es necesaria una limpieza más profunda. Por ejemplo, si el documento raíz de un libro es main.tex y los capítulos están en subcarpetas a las que se accede con comandos del tipo \include{chapter1/chapter1}, al componer el libro aparecen los archivos main.aux, main.pdfsync y main.log en la carpeta principal, y chapter1.aux en la carpeta chapter1.
La limpieza extensiva requerida se logra pulsando la tecla opción al usar «Borrar archivos aux». En este caso: